بقعه شیخ شهاب الدین اهری در دوره صفوی از ارزش و اعتبار بسیار بالایی برخوردار بود. دلیل این ارزش و اعتبار را می‏توان از چندین جنبه مورد بررسی قرار داد:

-         در این  دوران توجه به تصوف به اوج خود می‏رسد و دلباختگان طریقت بر گرد بقاع شیوخ و باباها و ده ده ها جمع می‏شوند و از ارواح متبرک ایشان کسب فیض می کنند.

-         در این بین آذربایجان به دلیل قرار گرفتن بقعه شیخ صفی الدین از اهمیت بالاتری برخوردار بود و زائران فراوانی را به سوی خود جذب می کرد. طبیعی است که در چنین جوی توجه مردم بومی به بقعه ای چون بقعه شیخ شهاب الدین نیز افزایش می یافت و سوی دیگر زائران دارالارشاد اردبیل بی شک در مسیر مسافرت خود به اهر و بقعه شیخ شهاب الدین نیز سر می زدند.

-         شیخ شهاب الدین از استادان شیخ صفی الدین تلقی می شد و از این رو زیارت او در نزد اهل طریقت آن روزگار ارزش و جایگاه ویژه ای داشت و حکومت صفوی نیز با احترام تمام بدان عنایت می نمود و از این روست که حاکمان الکای قراجه داغ همواره تولیت مزار شیخ شهاب الدین را بر عهده داشتند.

در «القاب و مواجب دوره سلاطین صفویه» می خوانیم :

« حاکم الکای قراجه داغ: که تولیت مزار شیخ شهاب الدین، که در اهر واقع است، با حکام قراجه داغ می باشد. و شیخ شهاب اهری استاد و معلم سلطان الاولیا شیخ صفی الدین اسحاق، قدس سره العزیر، است. و تولیت و حکومت مزبوره همیشه با سلسله نصیریه و خویشان این غلام بوده.. گاهی منصب خلیفه الخلفایی علاوه عنایت می شده و گاهی بدون منصب مزبور به تولیت و حکومت مذکوره اقدام داشته اند.»